在21世纪初，人类因全球暖化的影响而失去了大半的陆地。此时，在世界各地突然出现了搭载着神秘超兵器、真面目不明而被称为“雾之舰队”的战舰群，对其毫无招架之力的人类失去了制海权，并且再也无法自由航行于大海之上，令人类的文明和繁荣大幅衰退。

人类虽然失去了制海权，但并未放弃重新成为海洋的主人、在海洋上自由航行的打算，一直谋划著对“海雾舰队”反击的“大反攻”之日。

17年后，原士官候补生千早群像与其同伴们在不知觉中搭上了潜水舰伊401，并与伊401的心智模型伊欧娜一起接受突破“海雾舰队”的海洋封锁、运送人类反击的希望的委托。