源自人类思考与情感所产生的「e脉冲」，一直以来都被作为AI辅助设备「辅助蛋」的能量之源。在这项技术蓬勃发展的背后，可怕的怪物悄然现世——正是以吞噬e脉冲为进化养分的生命体「数码兽」。天马汤姆罗因与突然从辅助蛋中出现壁虎兽相遇，被卷入了一场超日常的冒险。在与以赏金猎人为业的「闪耀黎明」团队成员泽城京等人共同生活的过程中，天马逐渐坚定了自己的信念。人类与数码兽共同编织的新未来将何去何从——