与白色彗星帝国作战三年后，为了拯救濒临灭亡的加米拉斯民族，亚伯特·戴斯拉总统继续探索新的母星，最终在银河的一处找到了符合条件的行星。但是，那里是强大的星际国家的领土范围内。在银河中爆发的领土纷争，导致与加米拉斯缔结安全保障条约的地球被无情地卷入到了其中。但给地球带来军事、经济优越性的时间断层技术，也以自身的生命为代价已经消失了，虽然被自责的念头驱使着，但依旧担任着大和号新舰长的古代进，为了应对即将到来的事件，和新船员们一起开始了航海训练。在这其中却有什么人混进了其中在监视他们。在从未有过的不安时代，大和号迎来了新的旅程。在那前方，有着超乎想象的新敌人在等待着他们……